Науково-дослідна робота в ХНУГХ ім. А.Н. Бекетова здійснюється на 40 кафедрах і координується науково-дослідним сектором. За роки існування, в Університеті був створений найбільший в Україні науковий потенціал в галузі міського господарства. Творча діяльність колективу наших вчених спрямована на розробку сучасних методів проектування, будівництва та реконструкції будівель і споруд, створення ефективних будівельних конструкцій і матеріалів, поліпшення роботи комунальних підприємств, захист навколишнього середовища, очищення природних і стічних вод, вирішення питань розвитку міського транспорту.

  В Університеті працюють понад 80 докторів наук, професорів, понад 300 кандидатів наук, доцентів, 12 лауреатів Державних премій, 4 Заслужених діяча науки і техніки України, успішно працюють 8 наукових шкіл, Науковий Парк «Наукоград-Харків», Лабораторія-центр високих технологій і інформаційних систем в міському господарстві (Мегаполіс), «центр енергоефективних технологій», Освітньо-виробничий центр «Сучасні технології в енергетиці», центр регіонального розвитку, функціонують науково-дослідні лабораторії. Такий рівень наукового потенціалу дозволяє успішно виконувати роботи з фундаментальних і прикладних досліджень.

  Результати досліджень реалізуються у формі наукових публікацій, підручників і навчальних посібників, патентів на винаходи і корисні моделі, методичних розробок, рекомендацій для підприємств, організацій, органів державного управління. Тільки за останній рік опубліковано 36 монографій, 4 підручника, 56 навчальних посібників, більше 700 наукових статей, отримано 14 патентів України, в т.ч. один на винахід.

  Також треба відзначити успіхи у видавничій діяльності. Починаючи з 1992 року Університетом видається збірник наукових праць «Комунальне господарство міст», який входить до переліку наукових видань Державної атестаційної комісії України по архітектурі, технічним і економічним наукам. Щорічно видається 6 збірок. У 2003 році побачив світ перший номер міжнародного журналу «Світлотехніка і електроенергетика», який також входить до переліку наукових видань ДАК.

  Велика увага приділяється підготовці науково-педагогічних кадрів, яка здійснюється через аспірантуру. В Університеті функціонує докторантура і аспірантура за п'ятьма спеціальностями, працюють три спеціалізовані вченої ради по захисту докторських і кандидатських дисертацій.

 Основні зусилля вчених Університету спрямовані на вирішення актуальних проблем житлово-комунального господарства сучасного розвитку України.

  Широко відомі в Україні і за її межами наукові школи Університету по інженерної екології водних об'єктів урбанізованих територій, нових типів конструкцій житлових і громадських будівель, фізичних методів водопідготовки, економіки і менеджменту, фінансової безпеки, бухгалтерського обліку та аудиту.